קומה 1
מ"השומר" עד תום מלחמת העולם השנייה (1945-1907)
בקומה הראשונה מוצגים תולדות היישוב וארגון ה"הגנה" מאז הקמת ארגוני המגן הראשונים בימי העלייה השנייה, "בר-גיורא" (1907) ו"השומר" (1909), שהפכו את משימת השמירה וההגנה העצמית לחלק מן המפעל החלוצי.
בהמשך מוצגים אירועי הדמים שפרצו לאחר הכיבוש הבריטי של ארץ-ישראל (מאורעות תר"פ-תרפ"א 1921-1920), שהביאו להקמתו של ארגון ה"הגנה"; מאורעות תרפ"ט (1929) שהבהירו ליישוב היהודי את הצורך בכוח מגן עצמאי; ושנות המרד הערבי – מאורעות תרצ"ו-תרצ"ט (1939-1936) – ימי "חומה ומגדל" ה"יציאה מן הגדר" הקמת משטרת היישובים העבריים, "הנודדת" ופלגות הלילה בפיקודו של "הידיד" אורד וינגייט.
התצוגה בקומה זו ממשיכה עם תום המרד הערבי, להחלטת גזירות "הספר הלבן" השלישי ופרוץ מלחמת העולם השנייה (1939), ההתנדבות לצבא הבריטי, הקמת הפלמ"ח והקמת החטיבה היהודית הלוחמת – (הבריגדה), ומסתיימת עם המפגש עם ניצולי השואה והעקורים באירופה ותחילתו של מפעל הבריחה וההעפלה.
קומה 2
בריחה, העפלה ומאבק (1947-1945)
בקומה השנייה של המוזיאון מוצגות שנות ההעפלה והמאבק בתום מלחמת העולם השנייה.
מפעל ההעפלה אורגן על ידי המוסד לעליה ב' – זרוע חשאית של ארגון ה"הגנה". זרם אניות המעפילים הלך וגבר, למרות שמרבית האניות נעצרו על ידי הבריטים והמעפילים הועברו למחנות מעצר בארץ-ישראל ובהמשך בקפריסין.
התצוגה מציגה גם את הרכש והייצור המחתרתי של נשק ותחמושת שארגון ה"הגנה" עסק בו מראשית פעילותו. הנשק יוצר במפעלים חשאיים – (תע"ש) והוחבא במקומות מסתור (סליקים).
באוקטובר 1945 יזמה הנהגת היישוב מאבק משותף עם אצ"ל ולח"י במסגרת "תנועת המרי". הפעולות שביצע ארגון ה"הגנה", כוונו נגד הגבלות העלייה ורדיפת המעפילים. גולת הכותרת של תנועת המרי היה "ליל הגשרים", במהלכו פגעו כוחות הפלמ"ח ב- 11 גשרים שחברו את ארץ-ישראל עם המדינות השכנות.
קומה 3
מכ"ט בנובמבר עד להקמת צה"ל (1948-1947)
בקומה זו מוצגים האירועים מפרוץ מלחמת העצמאות, למחרת החלטת העצרת הכללית של האו"ם על חלוקת ארץ-ישראל לשתי מדינות בכ"ט בנובמבר 1947, ועד להכרזה על הקמתה של מדינת ישראל והפקודה להקמת צה"ל.
התצוגה כוללת מיצג אורקולי המציג את המהלכים העיקריים במלחמת העצמאות ומתמקד במערכה לפריצת הדרך לירושלים הנצורה.
ב-26 במאי 1948 פרסם דוד בן-גוריון, ראש הממשלה ושר הביטחון, את הפקודה להקמת צה"ל. ב-1 ביוני 1948 הושבעו הלוחמים – אנשי ה"הגנה", האצ"ל ולח"י ומגוייסים חדשים והיו לצבא הגנה לישראל. ה"הגנה" העניקה לצה"ל הצעיר את עיקר הכוח הלוחם, נשק וציוד לחימה וערכי לחימה. בכך הושלם המעבר מה"הגנה" לצבא הגנה לישראל. בפקודת היום להקמת צבא הגנה לישראל כתב ראש הממשלה ושר הביטחון דוד בן-גוריון: "עם הקמת מדינת ישראל יצאה "הגנה" ממחתרת ונהפכה לצבא סדיר. עצום ורב החוב שחייב היישוב והעם היהודי ל'הגנה'".
