בישראל קיימים מוזיאונים ואתרים רבים העוסקים בתחום הנחלת הזיכרון הצבאי – ביטחוני. חלקם מוקדש ליחידות שונות בצה"ל ומביא את סיפורן מנקודת המבט של ותיקי היחידות. אחרים הם אתרי התיישבות, העוסקים גם או בעיקר בהיסטוריה הביטחונית של המדינה בדרך ומדינת ישראל. מהם שהוקמו מלכתחילה כמוזיאונים ואילו אחרים הוקמו כאתרי הנצחה, ובהדרגה נוספה תצוגה מוזיאונית העוסקת בהיסטוריה הביטחונית.
מבין האתרים הללו קיימים כיום עשרה מוזיאונים המתמקדים בהיסטוריה הביטחונית של היישוב ובתולדות צה"ל, המאוגדים ביחידת המורשת והמוזיאונים של משרד הביטחון. הם נועדו להנחיל את תולדות המאבק הביטחוני על ארץ ישראל מראשית המאה העשרים ועד ימינו.
הראשון שבהם, מוזיאון "ההגנה" ע"ש אליהו גולומב, הוקם בשדרות רוטשילד בתל אביב, בביתו של אליהו גולומב, מפקדו הלא רשמי של הארגון. התצוגה במוזיאון, שנפתח בשנת 1961, מביאה את הסיפור הביטחוני הציוני, מבר גיורא ו'השומר', דרך הגדודים העבריים, הקמת ה'הגנה' בשנת 1920, התפתחות יחידות ה'הגנה' ופעולותיה, ה'הגנה' במלחמת העצמאות ועד להקמת צה"ל ביוני 1948. המוזיאון כולל גם את שחזור דירתו של אליהו גולומב, שבה היה המטה החשאי של הארגון.
בשנת 1967, קלט משרד הביטחון מוזיאון נוסף, 'מוזיאון בית הגדודים', שנוסד בידי ותיקי הגדודים ובהם דוד בן גוריון ויצחק בן צבי. המוזיאון הוקם במושב אביחיל, שמייסדיו נמנו על ותיקי הגדודים. הבית מספר את תולדות ההתנדבות היהודית לגדודים העבריים שקמו במסגרת הצבא הבריטי במלחמת העולם הראשונה, כדי להשתתף בשחרור הארץ מידי התורכים ולקדם את הקמת המדינה, ובכך השלים חלק מהסיפור הביטחוני שקדם ל'הגנה'.
שנתיים אחר כך הועבר למשרד הביטחון בית ה'שומר' בכפר גלעדי, הקיבוץ שהוקם בידי חברי ה'שומר'. המוזיאון מציג את סיפורם של בר גיורא וה'שומר' – מייסדי הכוח הביטחוני הציוני בארץ, והוא מסייע להתוודע לתקופה שקדמה ל'הגנה'.
מוזיאון רביעי מוקדש להעפלה ולחיל הים בחיפה (1969), ונושא את שמו של דוד הכהן. לצד ההעפלה מוצגת במקום פרשת מחנות קפריסין, בדגש על ההכשרה הצבאית שניתנה למעפילים לקראת עלייתם ארצה במלחמת העצמאות. בה בעת המוזיאון מוקדש גם לתולדות חיל הים, ששורשיו במפעל ההעפלה. הקשר בין ההעפלה לחיל הים מודגש בעובדה, שתצוגת ההעפלה מוקמה בספינת מעפילים ששירתה אחר כך בחיל הים. המוזיאון הוא גם אתר הנצחה ממלכתי לחללי ההעפלה.
בשנת 1987 נוסף למוזיאונים של משרד הביטחון מוזיאון האצ"ל בתש"ח ע"ש עמיחי פאגלין (גידי). המוזיאון, הנמצא על חוף הים בתל אביב, מתמקד באתרי הקרב של האצ"ל במלחמת העצמאות. התצוגה מתארת גם את קורות האצ"ל מיום החלטת החלוקה באו"ם ועד להכרזת המדינה והצטרפותו לצה"ל, בדגש המערכה על יפו.
בשנת 1988, במסגרת אירועי שנת הארבעים למדינה, נפתח לקהל מוזיאון 'בתי האוסף' לתולדות צה"ל. המקום הוקם כבר בתחילת שנות השישים, והוקדש לאיסוף כלי נשק, תותחים ושריון ששימשו את כוחות המגן של המדינה בדרך ואת צה"ל. המוזיאון נסגר בתחילת שנת 2019 ויעבור למשכנו החדש בלטרון בעוד כשנתיים.
שלוש שנים אחר כך, בשנת 1991, עבר לידי משרד הביטחון מוזיאון האצ"ל ב'מצודת זאב'. המוזיאון מביא את סיפורו של האצ"ל מיום הקמתו ועד לראשית מלחמת העצמאות. הוא מהווה התחלה והשלמה למוזיאון האצ"ל בתש"ח.
באותה שנה קיבלה יחידת המוזיאונים לידיה שני אתרים נוספים, בירושלים ובעכו – בתי הכלא המרכזיים של ממשלת המנדט. באתרים אלו הוקמו בהדרגה מוזיאון אסירי המחתרות ירושלים ומוזיאון אסירי המחתרות עכו.
מבנה הכלא בירושלים שוקם, שופץ ושוחזר במהלך שנות התשעים. הוא מביא את סיפור אסירי המחתרות בתקופת המנדט והמאבק להקמת המדינה. תצוגה נוספת במקום מוקדשת לפועלן של עצירות ואסירות ה'הגנה', האצ"ל ולח"י, שישבו בבית הכלא ובית המעצר לנשים בבית לחם.
תהליך השיקום, השיפוץ, והשחזור של מבנה הכלא בעכו נמשך זמן רב, בשל גודלו ומורכבותו של האתר. השלב הראשון של שיקום המבנה הסתיים באפריל 2008. במקום מוקמת תצוגה על חיי האסירים, הפריצה לכלא ועולי הגרדום. תצוגה נפרדת מוקדשת לסיפור מאסרם בעכו של ז'בוטינסקי וחבריו להגנת ירושלים בשנת 1920. המוזיאון הוא גם אתר הנצחה ממלכתי לעולי הגרדום.
מוזיאון לח"י נוסף למוזיאוני משרד הביטחון בשנת 1994. המוזיאון הוקם בתוך הבניין שבו התגלה ונרצח מייסדו ומנהיגו של לח"י, אברהם שטרן – יאיר. המוזיאון בן שלוש הקומות מתאר את פרשת הירצחו של יאיר ואת תולדות לח"י מיום הווסדו ועד לחימת חבריו במסגרת צה"ל במלחמת העצמאות.
בשנת 1999 קיבל משרד הביטחון לידיו את מוזיאון הפלמ"ח, המשלים את סיפורה של ה'ההגנה'. זהו מוזיאון ייחודי המציג את סיפורו של הפלמ"ח דרך סיפורה של חבורת צעירים מיום גיוסם לפלמ"ח ועד להשתתפותם בקרבות מלחמת העצמאות. 'אוצר תמונות הפלמ"ח' שבמקום כולל אלפי תמונות בנושא הפלמ"ח, מהפלוגות בראשיתן, עבור להכשרות המגויסות, עבור למסעות ועד לפעילות החטיבות במלחמת העצמאות.
שנה אחר כך צורף המוזיאון השנים עשר, מוזיאון גו'ערה. המוזיאון, הנמצא בתוך בסיס הגדנ"ע ברמת מנשה, הביא את קורות הכשרת המפקדים ב'הגנה', מפקדי הכיתות והמחלקות, שהיוו את עמוד השדרה של צה"ל במלחמת העצמאות. המוזיאון נסגר בשנת 2017, במסגרת פינוי הבסיס הצבאי.
במקביל להקמת מוזיאוני הפלמ"ח וגו'ערה, תוכננו בשנות התשעים שתי תצוגות קבע חדשות, שהגיעו לידי ביצוע בשנת 2007/8.
הראשונה – מוזיאון התנדבות בני היישוב הארצישראלי לצבא הבריטי במלחמת העולם השנייה (אגף חדש במוזיאון בית הגדודים).
השנייה – תצוגת הקבע החדשה במוזיאון בית ה'שומר'. תצוגה נוספת שהוקמה לצד מוזיאון הפלמ"ח – 'יד לגח"ל: ניצולי שואה במלחמת העצמאות' – המספרת על תרומת הגח"ל (גיוס חוץ לארץ) וניצולי השואה במלחמת העצמאות.
בשנת 2018 נחנכה במוזיאון בית הגדודים תצוגת קבע חדשה: תצוגת הגדודים העבריים במלחמת העולם הראשונה. התצוגה מתארת את הקמת הגדודים העבריים שנטלו חלק בשחרור ארץ-ישראל משלטון התורכים במטרה לחזק את התביעה הציונית על ארץ-ישראל.
סיפור המוזיאונים במסגרת משרד הביטחון משקף את התהליך הממושך של עיצוב הזיכרון הלאומי בתחום הביטחון, שבו בכל תקופה הצטרף נדבך נוסף. בה בעת נעשו שינויים ועדכונים במוזיאונים הקיימים.
ההיסטוריה הביטחונית המורכבת והמגוונת משתקפת במוזיאונים הביטחוניים. שילובם במסגרת יחידת המורשת והמוזיאונים לא נועד אלא לאפשר לכל אחת מהפרשיות לבוא לידי ביטוי והמחשה במוזיאונים, כאשר כל מוזיאון משתדל להציג את נקודת המבט של בני התקופה במהימנות מרבית.
