ההעפלה המאורגנת לארץ ישראל החלה בשנת 1934, לאחר עליית הנאצים לשלטון בגרמניה והתגברות תופעות האנטישמיות באירופה. בארץ לא התיר שלטון המנדט הבריטי כניסה חופשית של יהודים.
עד פרוץ מלחמת העולם השנייה בספטמבר 1939 היו אלה תנועת החלוץ והתנועה הרביזיוניסטית שארגנו את ההעפלה לארץ ישראל. במהלך תקופה זו עשו את דרכן לארץ כחמישים אוניות מעפילים.
עם פרוץ מלחמת העולם השנייה החלה תנופת ההעפלה המאורגנת כאשר הוקם המוסד לעלייה ב' – זרוע של ארגון ה"הגנה" שתפקידו לעסוק בעלייה הבלתי לגלית. אנשי המוסד התפרשׂו בכל רחבי אירופה ובמהרה הוא היה לארגון גדול שעסק באיסוף כספים, רכישת אוניות, איסוף מודיעין והעברת מעפילים לנמלי המוצא. בתקופה זו המשיכו הבריטים בתפיסת אוניות, כאשר במרבית המקרים נעצרו המעפילים במחנה המעצר בעתלית.
תקופה חדשה בתולדות ההעפלה החלה עם סיום מלחמת העולם השנייה במאי 1945, אז התבררו ממדי הזוועות שהתחוללו באירופה, ויהודים רבים, שארית הפלֵטה, ביקשו לעלות לארץ ישראל. חודש קודם לכן הוקם הפלי"ם, הפלוגה הימית של הפלמ"ח, שבמסגרתה הוכשרו ימאים לפיקוד על אוניות מעפילים, ליווי אוניות והכנתן להפלגה. ניצני הפלי"ם נראו עוד בשנת 1941 כאשר 23 לוחמי ה"הגנה" נשלחו מטעם הבריטים לחבל בבתי הזיקוק בטריפולי שבלבנון. הספינה שעליה הפליגו הלוחמים בליווי קצין מודיעין בריטי מייג'ור סר אנתוני פאלמר, נעלמה על לוחמיה.
לאחר סיום מלחמת העולם השנייה החריפו הבריטים את הגזרות על העלייה בהתאם לתקנות הספר הלבן משנת 1939, אך הדבר לא מנע מהנהגת היישוב בארץ להמשיך במאמצי ההעפלה ואף להגדיל את מספר המעפילים. בתקופה זו הפליגו לארץ ישראל 66 אוניות מעפילים שנשאו למעלה משמונים אלף איש. אתגר חדש עמד לפני המעפילים והנהגת היישוב כאשר הקימו הבריטים את מחנות המעצר בקפריסין ושאליהם גורשו רוב המעפילים שניסו להגיע ארצה באותה התקופה. על אף הקשיים המרובים והתלאות שעברו המעפילים בעת מעצרם בקפריסין, היוו מחנות המעצר תחנה נוספת שבה הוכנו המעפילים לקראת החיים בארץ ישראל. הגירוש לקפריסין הביא את הפלי"ם להקים את "החוליה" – יחידת חבלה ימית שתפקידה לפגוע בכלי שיט בריטיים, בהם האוניות שעל סיפונן גורשו המעפילים לקפריסין.
עם הקמת מדינת ישראל תמה ההעפלה ושערי הארץ נפתחו לפני כל יהודי שחפץ לעלות ארצה.
ב-17 במרץ 1948, כחודשיים לפני קום המדינה ובעיצומה של מלחמת העצמאות הבלתי סדירה, נתן ישראל גלילי, ראש המטה הארצי של ה"הגנה" את הפקודה להקמתו של השירות הימי, לימים חיל הים.
סיפורי ההעפלה והקמת חיל הים שזורים זה בזה. אוניות המעפילים היו לאוניות המלחמה הראשונות של חיל הים ואילו החיילים הראשונים היו אנשים בעלי ידע וניסיון בימאות, ביניהם אנשי הפלי"ם שעסקו בהעפלה ובחבלה ימית, בוגרי תנועות הנוער הימיות ומתנדבים יהודים ששירתו בצי הבריטי.
ראשיתו של חיל הים הייתה צנועה ודלה, אך הוא הלך והתפתח במהרה ולשורותיו הוכנסו כלי שיט רבים.
למעשה, במהלך מבצעי ההעפלה לארץ ישראל ניטעו שורשיו של חיל הים של ימינו, המהווה את אחד הציים המתקדמים בעולם!
