במוזיאון מרכז מידע המאגד בתוכו ספרייה וארכיון. בארכיון נשמרים מסמכים, תמונות וחומרים בנושא ארגון ההעפלה, אוניות המעפילים וחיל הים.
כמו כן שמורים במקום עשרות עבודות יד וחפצים של מעפילים ואנשי חיל הים, חלקים מאוניות חיל הים שיצאו משימוש, אוסף כתבי עת של מערכות ים, דגמי אוניות, מפות ועוד.
הביקור בארכיון – בתיאום מראש.
