בסוף שנות החמישים הוחלט להקים את מוזיאון ההעפלה וחיל הים באחת מספינות המעפילים הישנות, היחידה שנותרה מ-141 הספינות שעסקו בהעפלה ושמה "אף על פי כן". העברת האונייה מהמעגן המרוחק למיקומה הנוכחי לא הייתה פשוטה. הספינה נחתכה לארבעה חלקים שהועברו ליעדם באמצעות מנופים גדולים וחוברו מחדש.
שנים אחדות ניצבה הספינה כגרוטאה ענקית עד שבשנת 1966 החל סא"ל יוסף אלמוג, איש חיל הים ומוותיקי הפלי"ם, לטפל בעניין והספינה שוחזרה והותאמה למבקרים. יוסק'ה אלמוג שימש כמנהלו בעשרים ושש שנים השנים הראשונות מאז שהפכה האונייה למוזיאון ההעפלה וחיל הים ב-1969.
ה"אף על פי כן" הייתה במקורה נחתת טנקים בריטית שנבנתה במלחמת העולם השנייה, ומספר דופן שלה היה TLC-147.
בהמשך שירותה הוסבה לנחתת משגרת רקטות.
בחודש יוני 1943 היא הועברה לשירות בים התיכון והשתתפה בפלישת בעלות הברית לצפון אפריקה, במבצע המכונה "מבצע לפיד", שנועד לבלום את התקדמות גייסותיו של ארווין רומל.
בחודש מרץ 1946 רכש המוסד לעלייה ב' סניף איטליה את ה-TLC-147, והיא נרשמה על שם זוג שבדי בשם KRONSTRO (הבריטים לא העלו בדעתם שהקונים הם אנשי המוסד לעלייה ב').
הם בחרו לאונייה את שם הצופן "הפולשת" ובקיץ 1947 החלו ההכנות להפלגתה לארץ ישראל מחוף ים פתוח באזור גָאֵטה, מצפון לנאפולי שבאיטליה.
את ההכנות להפלגה עשו אנשי מספנה מקומית וצוות מלווים נוסף.
בבטן האונייה הותקנו דרגשי לינה והיא צוידה במזון משומר ויבש ובמים בכמות שתענה על הצרכים בהתאם למספר המשוער של ימי ההפלגה הצפויים.
האונייה נקראה "אף על פי כן" משום שיצאה להפלגה כמה שבועות אחרי לכידת ה"אקסודוס", אירוע שבעקבותיו ציפו הבריטים שההעפלה תיפסק.
האונייה נתפסה בדרכה ארצה ומעפיליה נשלחו למחנות המעצר בקפריסין. בהמשך נקשרה אל שובר הגלים בנמל חיפה ונזנחה. עם הקמת חיל הים במלחמת העצמאות היא הייתה לאחת מאוניות האימונים ביחידת הנחתות, והמשיכה לשאת את השם אח"י אף על פי כן. לאחר מכן שימשה כאוניית בסיס לשייטת 11 עד יציאתה משירות ב-1958.
