סיפור המבנה
המבנה שבו שוכן המוזיאון הוקם בשנת 1900 בידי איש עסקים יהודי שהגיע ממזרח אירופה וביקש להשתקע בארץ ישראל. לאחר מותו של הבעלים (כנראה עם פרוץ מלחמת העולם הראשונה, במהלך נסיעת עסקים לארץ מוצאו), עבר הנכס באופן לא ברור לידי ד"ר חמאמי, עסקן מוסלמי אמיד מיפו, שחילק את המבנה המקורי למחיצות אשר שימשו למגורים, תעשייה ומסחר.
בשיאו הורכב המבנה המקורי מכמה מבנים צמודים זה לזה וביניהם מסדרון וחצר פתוחה. גרם מדרגות אבן עלה ממפלס החצר לגג. חלק מהחדרים נבנו עם קמרונות אבן וחלק עם גגות שטוחים. פתחי כל החלונות היו מקושתים. מתכנני המוזיאון עשו שימוש בקירות אבני הכורכר המקוריים הבודדים ששרדו וחוזקו בדופנות בטון כדי לשאת את משקל הגג. את חלקי המבנה החסרים השלימו בעזרת קירות בטון חדשים שצופו באבנים שלוקטו מן ההריסות שבסביבה, כך שבמבט מהיר קשה להבחין בין הקירות המקוריים לאלו החדשים. את כל אלה משלים מבנה מלבני מזכוכית שחורה המדגישה את יופיו של המבנה הישן ומעצימה אותו.
מן העדויות עולה כי בעליית הגג של הבית (עד פרוץ מאורעות תרפ"ט) התגוררו כמה משפחות יהודיות וערביות. לא ברור מדוע הצליח דווקא מבנה זה לשרוד, וזאת ככל הנראה בשל העובדה שלאורך כל התקופות הוא היה מאוכלס בדיירים. בעת הלחימה במנשייה שימש המבנה כקו הביצורים של ערביי יפו ובקרבתו היה המעוז הערבי האחרון שנפל לידי האצ"ל.
בשנת 1976 פנו חברי עמותת ותיקי האצ"ל "ברית חיילי האצ"ל" לעיריית תל אביב בבקשה להקים במקום אתר הנצחה לחבריהם שנפלו בקרב. צוות התכנון שנבחר למשימה כלל את האדריכלים אמנון ניב, אמנון שוורץ ואחיו דניאל שוורץ. הם יצאו לסיור במדשאות הגן ומצאו "בניין נטוש-נתוץ, בודד אל מול הים". עבודות הבנייה החלו בסוף שנות ה-70 (לאחר המהפך השלטוני של 1977) ובמסגרתן נבנו קירות חדשים מאבנים שנאספו באתר והשלימו את שרידי הקירות המקוריים שנהרסו. ההשלמות לא שחזרו את המקור באופן מלא אלא סגרו את חלל המבנה, כך שקורתה גם החצר הפנימית, שבעבר הייתה פתוחה לשמיים.
המימון הראשוני לתחילת הפרויקט הגיע מכיסו הפרטי של ראש ממשלת ישראל (ובעבר מפקד המחתרת) מנחם בגין, כאשר חבריו לשעבר לנשק פנו אליו בבקשה לסיוע. ב-31 במרס 1983, בתום עבודות השימור והבנייה, נפתח המוזיאון לקהל הרחב בטקס רב רושם ומשתתפים ובמעמד ראש הממשלה מנחם בגין.
מאז חנוכתו ועד היום פועל המבנה במתכונתו המתוכננת ללא שינויים משמעותיים.
בשנת 1987 זכה הבניין בפרס רוקח לאדריכלות מבנים.
סיפורה של השכונה קשור קשר הדוק להתפתחותה של תל אביב וחיבורה עם יפו ועם סיפורי הקרבות והלחימה בְּעיר של תרבות חומרית ורוחנית שהמבנה הוא אחד השרידים הבודדים שלה.