לאחר מאורעות תרפ"ט (1929)והטבח בחברון ובצפת, התגלעו חילוקי דעות בארגון ה"הגנה" בשאלת הדרכים להתמודדות עם הטרור הערבי. באביב 1931 פרשה קבוצת חברים בראשותו של אברהם תהומי ("גדעון"), מפקד ה"הגנה" במחוז ירושלים והקימה ארגון מקביל שנקרא תחילה "ארגון ב'" או "הגנה ב'" ובהמשך נקבע שמו "הארגון הצבאי הלאומי בארץ ישראל" – האצ"ל.
בשנותיו הראשונות (1931–1937) עסק הארגון בעיקר בגיוס חברים ובאימונם, ברכישת אמצעי לחימה ובהיערכות למניעת התקפות של כנופיות ערביות על היישוב היהודי. ב־1936 נחתם בפריז הסכם בין אברהם תהומי מפקד האצ"ל, לבין זאב ז'בוטינסקי ראש בית"ר, יו"ר מפלגת הצה"ר (הסתדרות הציונים הרוויזיוניסטים) ונשיא הצ"ח (הסתדרות ציונית חדשה). לפי הסכם זה קיבל תהומי את הפיקוד על הארגון מידי זאב ז'בוטינסקי כדי לנהלו ברוח הוראותיו. כך הפך ז'בוטינסקי להיות מצביא האצ"ל.
ב־1937, בעיצומם של מאורעות הדמים (1936–1939), חזרו כמחצית מחברי האצ"ל לשורות ה"הגנה". הנותרים, רובם חברי בית"ר, המשיכו לקיים את מסגרת התגובה נגד הפורעים הערבים וזאת בניגוד לקו ה"הבלגה" שנקטה ה"הגנה". כמו כן יזמה התנועה הרוויזיוניסטית ותנועת בית"ר מבצעי העפלה (עליית "אף־על־פי"). במסגרת זו עלו ארצה עד פרוץ מלחמת העולם השנייה כ־20 אלף איש. עם פרסום "הספר הלבן" השלישי (מאי 1939), החל האצ"ל בפעולות יזומות נגד מוסדות השלטון הבריטי. הסיבה לכך היא הטלת גזֵרות שעיקרן חסימת שערי הארץ בפני עלייה יהודית, הגבלות על מכירת קרקעות ליהודים והתחייבות למסירת השלטון בארץ לידי הערבים ב־1949 (זאת נוסף על עבר הירדן המזרחי, שהיה חלק מארץ ישראל-פלשתינה המנדטורית ונמסר לערבים כבר ב־1922).
עם פרוץ מלחמת העולם השנייה (1 בספטמבר 1939) הפסיק הארגון את הפעולות נגד השלטון הבריטי והתייצב לימין בריטניה במלחמה באויב המשותף – גרמניה הנאצית. על רקע זה פרשה מהאצ"ל קבוצת חברים בראשותו של אברהם שטרן "יאיר" (קיץ 1940) והקימה ארגון מחתרת חדש, האצ"ל בישראל, שיקרא בהמשך לח"י, לוחמי חירות ישראל. לח"י התנגד לשיתוף הפעולה עם הבריטים כל עוד שערי הארץ נעולים. בינתיים רבים מחברי האצ"ל התגייסו לצבא הבריטי. מפקד הארגון, דוד רזיאל, נשלח למשימות מודיעין וחבלה בעירק. במהלך ביצוע משימתו, ביום כ"ג באייר תש"א ( 20 במאי 1941), הוא נהרג בהתקפה אווירית של מטוס גרמני. יום נפילתו הוא יום ההתייחדות השנתי עם חללי הארגון הצבאי הלאומי.
ב־1943 קיבל מנחם בגין את הפיקוד על האצ"ל מידי יעקב מרידור. בפברואר 1944, כשכבר אפשר היה לצפות לניצחון בעלות הברית, הכריז האצ"ל על מרד בשלטון הבריטי. זאת על רקע הידיעות שהגיעו ליישוב על ממדי השואה והחורבן שפקדו את עם ישראל, הפקרת מיליוני יהודים לגורלם והמשך מדיניות "הספר הלבן".
האצ"ל תקף את מוסדות השלטון הבריטי. תחילה פעל נגד מוסדות שלטון אזרחיים ולאחר מכן גם נגד יעדים צבאיים, כאשר הוא מטיל על עצמו מגבלות שונות למזעור הנפגעים. פעולות האצ"ל לא זכו להסכמתה של הנהגת היישוב היהודי בארץ, שנקטה צעדים חריפים נגד ארגוני המחתרת (שכונו בפיהם ה"פורשים") ושכללו: גירוש מבתי הספר וממקומות העבודה, חטיפות, עינויים והסגרה למשטרה הבריטית. תקופה זו, המכונה ה"סזון" (אוקטובר 1944–אוקטובר 1945), פגעה בהיקף הפעילות של הארגון ורבים מחברי האצ"ל נאסרו והועברו למחנות המעצר באפריקה. מפקד האצ"ל, מנחם בגין, נתן הוראה לא להגיב. "לא תהיה מלחמת אחים", הכריז.
היכולת המבצעית של האצ"ל והמשך מדיניות "הספר הלבן" הולידו שיתוף פעולה בין המחתרות ה"הגנה", האצ"ל ולח"י והוקמה תנועת המרי העברי (אוקטובר 1945– אוגוסט 1946), שבמסגרתה פעלו שלושת הארגונים נגד שלטונות המנדט תחת פיקוד משותף. מבצעי האצ"ל הגדולים: פיצוץ מפקדת הצבא הבריטי ומרכז השלטון האזרחי ששכנו במלון "המלך דוד" בירושלים (יולי 1946), פיצוץ מסופי הדלק בנמל חיפה וחבלה במתקני הרכבת (ספטמבר 1946), פגיעה בתשתיות – פיצוץ מסילות ברזל, כבישים, גשרים, עמודי חשמל וטלגרף, התקפות משולבות על ריכוזי צבא בירושלים, ביפו, בטבריה ובחיפה (ינואר 1947) ובמיוחד הפריצה למבצר עכו וחילוצם מהכלא של עשרות אנשי האצ"ל ולח"י (מאי 1947). פעולות האצ"ל זכו לתהודה עולמית וסייעו בערעור השלטון הבריטי בארץ. האצ"ל הרחיב את זירת המערכה גם לאירופה – "החזית השנייה" שכללה תקיפת יעדים ומתקנים בריטיים ופיצוץ השגרירות הבריטית ברומא (איטליה).
עם החלטת העצרת הכללית של האו"ם על חלוקת ארץ ישראל (כ"ט בנובמבר 1947, ט"ז בכסלו תש"ח), יצא האצ"ל מהמחתרת והשתלב במערכות ההגנה של היישוב מול התקפותיהן של הכנופיות הערביות. לוחמיו פעלו במערכה לשחרור צפת, חיפה, יפו, בכיבוש כפרים ערביים בהרי מנשה, בהגנה על ירושלים, ובהתקפה על רמלה, אשדוד, יבנה, יהודייה, ראש העין ועוד. בירושלים, שגורלה המדיני טרם הוכרע, שמר האצ"ל על מסגרתו העצמאית בהסכמת הממשלה הזמנית וזאת עד לשלהי ספטמבר 1948. עם הקמת מדינת ישראל השתלב האצ"ל בצה"ל ולאחר תקופת ביניים קשה (פרשת אלטלנה) הפכו אנשיו לחלק אינטגרלי מצה"ל. לוחמיו הטמיעו את מורשת הקרב שלהם במורשת הכללית לחישול הכוח הצבאי של מדינת ישראל.
