ארכיון "השומר" נמצא במוזיאון לצד ספרייה עשירה בספרי היסטוריה וארץ ישראל מתקופות שונות. בארכיון תיקים אישיים של אנשי "השומר", מסמכים רבים הקשורים בפעילותם הענֵפה, מפות ותמונות מהתקופה.
הארכיון נגיש לחוקרים מכול רמות המחקר.
